Nghị định số 71/2006/NĐ-CP ngày 25/7/2006 của Chính phủ về quản lý cảng biển và luồng hàng hải; Nghị định số 154/2005/NĐ-CP ngày 15/12/2005 của Chính phủ qui định chi tiết một số điều của Luật hải quan về thủ tục Hải quan, kiểm tra, giám sát Hải quan; Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/04/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục Hải quan, kiểm tra, giám sát Hải quan; thuế xuất khẩu , thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; Quyết định số 1582/QĐ-TCHQ ngày 29/08/2006 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc ban hành  Quy trình  thủ tục Hải quan đối với tàu biển nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh, chuyển cảng.

-  Đối tượng khai báo hải quan:

Người khai hải quan là Thuyền trưởng hoặc người đại diện hợp pháp của người vận tải.

-  Địa điểm làm thủ tục hải quan:

Thủ tục hải quan được thực hiện tại Trụ sở chính hoặc văn phòng đại diện của Cảng vụ hàng hải. (Riêng đối với tàu khách thì địa điểm làm thủ tục có thể là tại tàu nhưng chỉ do cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành có yêu cầu thực hiện).

- Thời hạn làm thủ tục hải quan:

Chậm nhất hai giờ trước khi tàu rời cảng đối với tàu biển xuất cảnh. Riêng tàu khách và tàu chuyên tuyến, thời gian chậm nhất là ngay trước thời điểm tàu chuẩn bị rời cảng. Trường hợp có lý do chính đáng thì thời hạn trên có thể thay đổi, nhưng Thuyền trưởng (hoặc người đại diện hợp pháp) phải thông báo bằng văn bản cho Chi cục Hải quan cảng biết trước ít nhất ba mươi phút.

– Bản khai hàng hóa nhập khẩu (cargo declaration) phải được khai đầy đủ, cụ thể, rõ ràng về mô tả hàng hóa (description of goods); không được ghi chung chung như: hàng bách hóa, hàng thiết bị văn phòng, hàng điện tử, điện gia dụng, đồ chơi trẻ em… Mặt hàng nào ghi chung chung thì phải khai và nộp bổ sung bản kê chi tiết (attached list) của mặt hàng đó.

+ Đối với hành lý của thuyền viên:

++ Khai hành lý của cả đoàn vào bản khai hành lý thuyền viên;

++ Đối với hàng hóa của thuyền viên thì mỗi thuyền viên khai vào tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phi mậu dịch.

+ Đối với hành lý vượt định mức, hàng hóa của hành khách xuất cảnh, nhập cảnh thực hiện theo quy định tại Nghị định số 66/2002/NĐ-CP ngày 01 tháng 07 năm 2002 của Chính phủ quy định về định mức hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh và quà biếu, tặng nhập khẩu được miễn thuế; và Quyết định số 29/2006/QĐ-BTC ngày 08 tháng 05 năm 2006 của Bộ Tài chính ban hành quy định về mẫu, hướng dẫn sử dụng, in, phát hành và quản lý tờ khai nhập cảnh/xuất cảnh.

a) Bản khai chung: 01 bản chính;

b) Bản khai hàng hóa: 01 bản chính;

c) Bản khai hàng hóa nguy hiểm (nếu có): 01 bản chính;

d) Bản khai dự trữ của tàu: 01 bản chính;

e) Danh sách thuyền viên: 01 bản chính;

g) Danh sách hành khách (nếu có): 01 bản sao;

h) Bản khai hàng hóa, hành lý của thuyền viên: 01 bản chính.

i) Bản khai hàng hóa chuyển cảng, quá cảnh, trung chuyển (nếu có): 01 bản chính.

Các chứng từ thuộc mục c, d, e, h trên đây nếu không có nội dung thay đổi so với nội dung đã khai báo khi tàu nhập cảnh thì thuyền trưởng không phải nộp. ( Nếu có nội dung thay đổi so với nội dung đã khai báo khi tàu nhập cảnh thì phải nộp ). Ngoài ra xuất trình các giấy tờ sau khi được yêu cầu:

– Sơ đồ xếp hàng trên tàu;

– Hóa đơn mua hàng cung ứng tàu biển;

– Hóa đơn mua hàng miễn thuế (theo đơn đặt hàng).

– Các chứng từ khác có liên quan.

2. Hồ sơ hải quan đối với tàu biển Việt Nam xuất cảnh:

a) Bản khai chung: 01 bản chính;

b) Bản khai hàng hóa: 01 bản chính;

c) Bản khai dự trữ của tàu: 01 bản chính;

d) Danh sách thuyền viên: 01 bản chính;

e) Bản khai hàng hóa, hành lý của thuyền viên: 01 bản chính;

g) Danh sách hành khách (nếu có): 01 bản sao.

Ngoài ra xuất trình các giấy tờ sau khi được yêu cầu:

– Sơ đồ xếp hàng trên tàu;

– Hóa đơn mua hàng cung ứng tàu biển;

– Hóa đơn mua hàng miễn thuế (theo đơn đặt hàng).

– Các chứng từ khác có liên quan.

–  Hồ sơ khai bằng tiếng Việt hoặc tiếng Anh.

–  Khai báo kịp thời, chính xác, đầy đủ các biểu mẫu theo quy định.

–  Riêng đối với tàu khách thì địa điểm nộp hồ sơ khai báo và thủ tục hải quan được thực hiện tại tàu nhưng chỉ do cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành có yêu cầu thực hiện.