Theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan, để xử lý thuế với những trường hợp này cần phân rõ hai thời điểm.

Đối với tờ khai xuất khẩu đăng ký trước ngày 1/9/2016 cần căn cứ quy định tại khoản 5 Điều 114 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính.

Theo đó, hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan được hoàn thuế nhập khẩu tương ứng với tỷ lệ sản phẩm thực tế xuất khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu có đủ điều kiện xác định là được chế biến từ toàn bộ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.

Cục Hải quan TP. Hải Phòng cần thực hiện kiểm tra tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư; tờ khai xuất khẩu sản phẩm; sổ sách, chứng từ kế toán, chứng từ thanh toán, các chứng từ khác có liên quan. Kết quả kiểm tra nếu xác định doanh nghiệp có nhập khẩu nguyên liệu, vật tư và sau đó xuất khẩu hàng hóa được sản xuất từ số nguyên liệu, vật tư nhập khẩu này, đáp ứng quy định về đối tượng hoàn thuế nhập khẩu quy định tại khoản 5 Điều 114 Thông tư số 38/2015/TT-BTC; hồ sơ hoàn thuế đáp ứng quy định tại Điều 119 Thông tư số 38/2015/TT-BTC thì xử lý hoàn thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư nhập khẩu tương ứng với tỷ lệ sản phẩm thực tế xuất khẩu và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, phù hợp của bộ hồ sơ hoàn thuế.

Đối với tờ khai xuất khẩu đăng ký từ ngày 1/9/2016 thực hiện theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ quy định về hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm thì cơ sở để xác định hàng hóa được hoàn thuế là sản phẩm xuất khẩu được làm thủ tục hải quan theo loại hình sản xuất xuất khẩu.

Trường hợp doanh nghiệp không làm thủ tục hải quan cho sản phẩm xuất khẩu theo loại hình sản xuất xuất khẩu (đăng ký sai mã loại hình tờ khai hải quan xuất khẩu) thì không được xem xét hoàn thuế nhập khẩu theo quy định.