Theo Cục Hải quan Đồng Nai, Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25-3-2015 có quy định xử lý tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu khi doanh nghiệp chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp chế xuất thành doanh nghiệp không hưởng chế độ chính sách doanh nghiệp chế xuất. Theo đó, doanh nghiệp cần xác định những tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu còn tồn kho và đề xuất biện pháp xử lý với cơ quan hải quan. Việc khai thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa thực hiện theo Thông tư 38.

Về nguyên tắc khai báo thuế GTGT khâu nhập khẩu được thực hiện tại Chi cục Hải quan quản lý và kê khai với cơ quan Thuế nội địa khi tiêu thụ hay sản xuất thành sản phẩm mua bán nội địa.

Thời điểm thanh lý và xác định tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu thực hiện trước khi doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi.

Về thủ tục miễn thuế đối với số lượng máy móc thiết bị đã nhập khẩu để tạo tài sản cố định, do chưa có văn bản hướng dẫn, Cục Hải quan Đồng Nai đề nghị doanh nghiệp kê khai, lập bảng kê các trường hợp đủ điều kiện xem xét miễn thuế nhập khẩu. Trên cơ sở đề xuất của Chi cục Hải quan quản lý doanh nghiệp, Cục Hải quan Đồng Nai sẽ báo cáo Tổng cục Hải quan xem xét chấp nhận miễn thuế nhập khẩu, thu thuế GTGT đối với máy móc thiết bị đã nhập khẩu không phải đăng ký lại danh mục miễn thuế. Trường hợp không được chấp nhập miễn thuế, công ty sẽ phải nộp đủ số thuế theo quy định.