Theo khoản 1 Điều 4 Nghị định 187/2013/NĐ-CP quy định “Hàng hóa XK, NK theo giấy phép, thương nhân muốn XK, NK phải có giấy phép”.Về nguyên tắc, căn cứ vào quy định nêu trên, các cơ quan quản lý chuyên ngành sẽ quy định thời điểm nộp giấy phép cho cơ quan Hải quan trong các văn bản quy phạm pháp luật tương ứng. Tuy nhiên, trên thực tế hầu hết các văn bản này không quy định thời điểm nộp giấy phép. Một số văn bản có nêu thời điểm nhưng chung chung, không nêu cụ thể thời điểm, chẳng hạn như “khi làm thủ tục hải quan” hoặc “khi làm thủ tục NK”.

Theo Tổng cục Hải quan, nhiều văn bản quy định chính sách quản lý đối với hàng hóa XNK là giấy phép nhưng có văn bản quy định thời điểm nộp, có văn bản không quy định; có văn bản đã quy định nhưng có nhiều cách hiểu khác nhau (ví dụ, nếu quy định “khi làm thủ tục hải quan” có thể hiểu là cơ quan Hải quan chấp nhận cho nộp giấy phép từ khi đăng kí tờ khai cho đến trước khi thông quan hoặc ngay khi bắt đầu thực hiện thủ tục hoặc khi nộp hồ sơ hải quan mới phải có giấy phép…)

Những quy định không rõ ràng dẫn đến việc cơ quan Hải quan rất khó khăn trong việc xác định thời điểm chấp nhận giấy phép, một vài trường hợp dẫn đến tranh chấp giữa cơ quan Hải quan và người khai hải quan.

Thông tư 12/2015/TT-BCT của Bộ Công Thương về giấy phép NK tự động thép là một ví dụ. Thông tư này quy định về người XK, NK phải có Giấy phép khi làm thủ tục hải quan, không quy định cụ thể thời điểm nào của quá trình làm thủ tục hải quan (do thủ tục hải quan bao gồm quá trình từ khi người khai hải quan đăng kí tờ khai hải quan đến khi thông quan hàng hóa). Việc này gây khó khăn đối với việc xử lý các lô hàng thép NK thời gian qua do có thay đổi chính sách (áp thêm thuế tự vệ).

Để được áp dụng mức thuế cũ, DN cần phải có giấy phép ngay tại thời điểm đăng kí tờ khai hải quan và trước khi chính sách mới có hiệu lực. Tuy nhiên, có những trường hợp DN đăng kí tờ khai trước thời điểm chính sách mới có hiệu lực nhưng giấy phép thì được cấp/xuất trình sau thời điểm hiệu lực của chính sách mới nên chưa được cơ quan Hải quan chấp thuận. Do quy định không rõ ràng nên khó xác định biện pháp xử lý hợp lý.

Chính vì vậy, để xử lý những bất cập trong thời quan qua, dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định 08/2015/NĐ-CP đang xem xét quy định cụ thể thời điểm nộp giấy phép khi thực hiện thủ tục hải quan.

Theo đó, trường hợp hàng hóa XK, NK thuộc diện phải có giấy phép của cơ quan quản lý chuyên ngành thì phải có giấy phép trước khi đăng kí tờ khai hải quan và phải khai đầy đủ thông tin giấy phép trên tờ khai hải quan theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

Trường hợp căn cứ vào mã số hàng hóa Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan không xác định được hàng hóa thuộc diện phải có giấy phép thì hệ thống chấp nhận đăng kí tờ khai. Khi kiểm tra hồ sơ cơ quan hải quan đủ cơ sở xác định hàng hóa thuộc diện có giấy phép mà không có giấy phép tại thời điểm đăng kí tờ khai thì sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính. Tờ khai hải quan đã đăng kí không có giá trị thực hiện thủ tục hải quan.