Cụ thể, đó là Thông tư 50/2009/TT-BNNPTNT ngày 18-8-2009 Ban hành Danh mục sản phẩm, hàng hóa có khả năng gây mất an toàn thuộc trách nhiệm quản lý của Bộ NN&PTNT; Thông tư 50/2010/TT-BNNPTNT ngày 30-8-2010 sửa đổi, bổ sung Thông tư 50/2009/TT-BNNPTNT; Thông tư 44/2011/TT-BNNPTNT ngày 20-6-2011 bổ sung Danh mục hàng hóa nhóm 2 của Bộ NNPTNT (mặt hàng muối).

Nội dung cần sửa đổi ở cả ba Thông tư kể trên là ban hành Danh mục hàng hóa nhập khẩu phải kiểm tra chất lượng trước khi thông quan, có mã số HS, theo quy định tại Khoản 2, Điều 7, Nghị định 187/2013/NĐ-CP (tách riêng với Danh mục hàng hóa nhóm 2).

Ngoài ra, Thông tư 25/2010/TT-BNNPTNT ngày 8-4-2010 về hướng dẫn kiểm tra an toàn thực phẩm hàng hóa có nguồn gốc động vật nhập khẩu cũng đã được sửa đổi, bổ sung với nội dung là ban hành văn bản mới thay thế để hướng dẫn Luật An toàn thực phẩm và Nghị định 38/2012/NĐ-CP theo hướng đơn giản thủ tục, giảm giấy tờ phải nộp và quy định tổng thời gian kiểm tra cho một lô hàng nhập khẩu.

Bên cạnh đó, Thông tư liên tịch 13/2014/TTLT-BYT-BNNPTNT-BCT ngày 9-4-2014 về phân công, phối hợp tronh quản lý Nhà nước về an toàn thực phẩm đã được sửa đổi, bổ sung theo hướng Bộ NN&PTNT phối hợp cùng Bộ Y tế và Bộ Công Thương thống nhất ban hành Danh mục hàng hóa nhập khẩu phải kiểm tra an toàn thực phẩm, có mã số HS, trong đó phân định rõ trách nhiệm từng Bộ.

Quyết định 38/2008/QĐ-BNN ngày 28-2-2008 Ban hành Danh mục mã số HS hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyên ngành thủy sản, Bộ NN&PTNT đã sửa đổi theo hướng ban hành Quyết định thay thế để phù hợp với quy định hiện hành.

Đối với hai văn bản là Thông tư 39/2013/TT-BNNPTNT ngày 12-8-2013 về Ban hành Danh mục bổ sung, sửa đổi thức ăn thủy sản; sản phẩm xử lý, cải tạo môi trường nuôi trồng thủy sản được phép lưu hành tại Việt Nam và Quyết định 78/2004/QĐ-BNNPTNT ngày 31-12-2004 về Ban hành Danh mục giống vật nuôi quý hiếm cấm xuất khẩu đều đã được sửa đổi, bổ sung với nội dung là công bố Danh mục kèm theo mã HS.

Văn bản cuối cùng mà Bộ NN&PTNT hoàn tất việc sửa đổi, bổ sung là Thông tư 42/2012/TT-BNNPTNT ngày 21-8-2012 về sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư 01/2012/TT-BNNTPNT.

Theo Quyết định 2026/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về phê duyệt Đề án Giải pháp nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, trong tổng số 87 văn bản quy phạm pháp luật về kiểm tra chuyên ngành cần sửa đổi, bổ sung, Bộ NN&PTNT có số văn bản cần sửa đổi, bổ sung nhiều nhất là 49 văn bản.

Thời hạn để các Bộ liên quan tiến hành hoàn tất việc sửa đổi, bổ sung là trong quý  IV-2015 và chậm nhất là quý I-2016.