Theo đó, đối với các chi cục hải quan đã triển khai hệ thống kết nối, trao đổi thông tin với cảng biển, ngoài việc thực hiện theo các nội dung hướng dẫn tại Quyết định 1500/QĐ-TCHQ ngày 24/5/2016 của Tổng cục Hải quan, Tổng cục Hải quan hướng dẫn bổ sung một số nội dung.Đối với tờ khai XK đủ điều kiện qua khu vực giám sát, container của tờ khai đã đưa vào cảng (get-in) nhưng có yêu cầu thay đổi địa điểm xếp hàng (cửa khẩu xuất) trên tờ khai để vận chuyển đến cảng khác để XK, thủ tục được thực hiện như sau:Trường hợp người khai có yêu cầu thay đổi cửa khẩu xuất đối với tờ khai XK: Chi cục hải quan nơi lưu giữ hàng hóa hướng dẫn người khai hải quan liên hệ với chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai để thực hiện khai sửa đổi, bổ sung cửa khẩu xuất mới theo quy định tại Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC. Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai thực hiện xem xét, phê duyệt. Chi cục hải quan nơi lưu giữ hàng hóa căn cứ chứng từ sửa đổi, bổ sung có xác nhận của chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai do người khai xuất trình để nhập chứng từ đủ điều kiện qua khu vực giám sát theo quy trình hàng xuất đề người khai làm thủ tục lấy hàng ra khỏi khu vực giám sát theo quy định.

Trường hợp DN vận chuyển có yêu cầu thay đổi cảng xếp hàng cho toàn bộ lô hàng XK dự kiến xếp lên phương tiện vận tải xuất cảnh, căn cứ văn bản đề nghị thay đổi cảng xếp hàng cho toàn bộ lô hàng XK của DN vận chuyển (trong văn bản nêu rõ cửa khẩu xuất mới, số lượng tờ khai XK tương ứng với lượng hàng vận chuyển…), chi cục hải quan cửa khẩu xuất cũ nếu chấp nhận thì thực hiện: Hướng dẫn DN cảng thực hiện gửi thông tin get-out container thuộc tờ khai XK thay đổi cảng xếp hàng; hướng dẫn DN vận chuyển khai tờ khai vận chuyển độc lập để vận chuyển hàng hóa từ cửa khẩu xuất cũ đến cửa khẩu xuất mới.

Tổng cục Hải quan cũng lưu ý, chỉ sau khi DN cảng gửi thông tin get-out container của tờ khai xuất thì công chức hải quan mới thực hiện phê duyệt tờ khai vận chuyển độc lập trên Hệ thống V5.

Trong công văn, Tổng cục Hải quan cũng hướng dẫn đối với hàng lẻ đóng trong container đưa vào kho CFS trong khu vực cảng biển nơi lưu giữ container để chia tách, đóng ghép. DN kinh doanh kho CFS căn cứ trên số lượng container đưa vào kho CFS trong ngày để có văn bản (nêu rõ số hiệu container có hàng vòa kho CFS) thông báo các container được phép đưa vào kho để khai thác. Trên cơ sở văn bản thông báo của DN kinh doanh kho CFS, chi cục hải quan nơi quản lý kho CFS kiểm tra, đối chiếu chứng từ nhập kho, nếu phù hợp thì căn cứ văn bản thông báo xác nhận số lượng container đủ điều kiện qua khi vực giám sát.

Bên cạnh đó, Tổng cục Hải quan hướng dẫn đối với nhiều trường hợp cụ thể: Trường hợp hàng hóa đóng trong container trung chuyển; đối với tờ khai XK đủ điều kiện qua khu vực giám sát, container của tờ khai đã đưa vào khu vực giám sát nhưng DN thực hiện đổi vỏ container tại cảng do vỏ container không đạt tiêu chuẩn XK; trường hợp sau khi hoàn thành thủ tục hải quan, người khai hải quan muốn rút hàng ra khỏi container ngay tại cảng mà không đưa container về kho DN (không đưa container chứa hàng qua khu vực giám sát); đối với hàng NK đã thông quan nhưng DN không lấy hàng ra khỏi cảng mà bán cho DN khác ngay tại cảng để xuất khẩu…