Chính sách hoàn thuế GTGT đối với nguyên liệu, hàng hoá NK để sản xuất gia công hàng XK được thực hiện theo các quy định tại Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế Tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế; Nghị định 100/2016/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế Tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế.

Như vậy, đối chiếu với quy định tại văn bản pháp luật thì trường hợp nguyên liệu, hàng hoá NK để sản xuất, gia công hàng XK không phải là trường hợp hàng hoá NK sau đó XK theo Luật số 106/2016/QH13 và Nghị định 100/2016/NĐ-CP vì nguyên liệu, hàng hoá NK này khi XK không còn giữ nguyên trạng như ban đầu.

Liên quan đến quy định cơ quan giải quyết hoàn thuế GTGT cũng đã được quy định, hướng dẫn cụ thể tại Luật thuế GTGT, Thông tư 39/2018/TT-BTC. Theo đó, trường hợp hàng hóa là nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK để sản xuất, gia công hàng hóa XK theo hợp đồng sản xuất, gia công XK ký với bên nước ngoài (thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại khoản 20 Điều 5 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12) đã nộp thuế GTGT tại khâu NK thì số thuế GTGT đã nộp được xác định là số thuế nộp thừa và cơ quan Hải quan thực hiện hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 64 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC.

Trường hợp hàng hoá là nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK để sản xuất, gia công hàng hoá XK không theo hợp đồng gia công ký kết với bên nước ngoài (không thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại khoản 20 Điều 5 Luật thuế GTGT), khi NK DN phải kê khai nộp thuế GTGT theo quy định, khi XK thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% và cơ quan Thuế thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá XK theo quy định.

Trước đó, trả lời vướng mắc của các Công ty TNHH Procter&Gamble Đông Dương, Công ty TNHH King Kim (Việt Nam), Công ty TNHH Dong Jin Leiports Vina; Công ty TNHH Yuan Chang, Công ty TNHH Honda Lock Việt Nam… và một số cục hải quan tỉnh, thành phố liên quan đến xử lý thuế GTGT đối với hàng hoá NK để sản xuất XK Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) đã có văn bản hướng dẫn cụ thể.

Theo đó, khoản 20 Điều 5 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 quy định thì nguyên liệu NK để sản xuất, gia công hàng hoá XK theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT…

Cũng theo Bộ Tài chính, khoản 3 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế Giá trị gia tăng, Luật thuế Tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/2016/QH13 quy định: “Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ XK nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa NK để XK, hàng hóa XK không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan” và tại khoản 6 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP của Chính phủ cũng quy định: “Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa NK sau đó XK, hàng hóa XK không thực hiện việc XK tại dịa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn”.

Tại điểm d khoản 2 Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính thì: “Người nộp thuế chưa phải kê khai, nộp thuế GTGT của số lượng nguyên liệu, vật tư NK để sản xuất hàng XK còn tồn kho, chưa đưa vào sản xuất hoặc đã sản xuất sản phẩm nhưng chưa XK sản phẩm trên cơ sở kết quả kiểm tra theo quy định tại Điều 59 thông tư này. Trường hợp đã nộp thuế GTGT trước ngày thông tư này có hiệu lực thì khi thực tế XK sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu, vật tư NK, người nộp thuế được hoàn lại tiền chậm nộp thuế GTGT (nếu có) theo hướng dẫn tại Điều 49 thông tư này”.

Mới đây, Tổng cục Hải quan nhận được đề nghị hướng dẫn vướng mắc liên quan đến vấn đề này của Cục Hải quan Bình Dương. Nhấn mạnh các quy định nhằm tạo thuận lợi tối đa cho hoạt động kinh doanh sản xuất của DN, Tổng cục Hải quan yêu cầu, các đơn vị địa phương, DN thực hiện theo công văn số 16836/BTC-TCHQ ngày 13/12/2017 và công văn số 12247/BTC-CST ngày 5/10/2018 của Bộ Tài chính.

Về hoàn trả số tiền thuế GTGT, Tổng cục Hải quan cho biết, thực hiện theo hướng dẫn tại công văn số 12752/BTC-KBNN ngày 24/10/2019 của Bộ Tài chính về việc hạch toán hoàn trả các khoản thu NSNN năm 2019 do cơ quan Hải quan quyết định. Từ năm 2020 trở đi, thực hiện hoàn trả theo quy định tại Thông tư 328/2016/TT-BTC ngày 26/12/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và hoàn trả các khoản thu NSNN qua Kho bạc Nhà nước và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).