Căn cứ quy định tại Khoản 5 Điều 25 Nghị định 08/2015/NĐ-CP ngày 21/1/2015 được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 12 Điều 1 Nghị định 59/2018/NĐ-CP ngày 20/4/2018 của Chính phủ thì: “Đối với hàng hóa XNK thuộc đối tượng không chịu thuế XNK, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế GTGT, thuế bảo vệ môi trường hoặc miễn thuế hoặc áp dụng thuế suất, mức thuế tuyệt đối theo hạn ngạch thuế quan và đã được giải phóng hàng hoặc thông quan nhưng sau đó có thay đổi về đối tượng không chịu thuế hoặc mục đích được miễn thuế; áp dụng thuế suất, mức thuế tuyệt đối theo hạn ngạch thuế quan; hàng hóa là nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK để gia công, sản xuất hàng hóa XK và hàng hóa TNTX đã giải phóng hàng hoặc thông quan nhưng sau đó thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa thì phải khai tờ khai hải quan mới. Chính sách quản lý hàng hóa XNK; chính sách thuế đối với hàng hóa XNK thực hiện tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới trừ trường hợp đã thực hiện đầy đủ chính sách quản lý hàng hóa XNK tại thời điểm đăng ký tờ khai ban đầu”.

Cũng tại Khoản 10 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn: Trường hợp thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa đối với hàng hóa NK miễn thuế NK, thuộc đối tượng không chịu thuế NK tính từ thời điểm NK đến thời điểm thay đổi mục đích, chuyển tiêu thụ nội địa đã quá thời hạn lưu giữ hồ sơ hải quan (5 năm) và trường hợp thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa đối với hàng hóa NK là công cụ, dụng cụ thuộc đối tượng không chịu thuế, miễn thuế, chưa phân bổ toàn bộ giá trị vào chi phí sản xuất (trường hợp DN không theo dõi, quản lý theo số tờ khai hải quan NK) vẫn còn trong thời hạn lưu giữ hồ sơ hải quan thì DN không phải cung cấp số tờ khai khi thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa.

Với các quy định và hướng dẫn trên, theo Tổng cục Hải quan, trường hợp DN NK máy móc, thiết bị để tạo tài sản cố định của dự án ưu đãi đầu tư nhưng có nhu cầu thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa thì trước khi thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa, DN phải kê khai, nộp thuế trên tờ khai hải quan mới theo quy định tại Khoản 5 Điều 25 Nghị định 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 12 Điều 1 Nghị định 59/2018/NĐ-CP; Khoản 10 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

Thủ tục hải quan đối với hàng hóa NK thực hiện dự án ưu đãi đầu tư thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng thực hiện theo quy định tại Khoản 3 Điều 85 Thông tư 38/2015/TT-BTC đối với trường hợp là DN nội địa. Trường hợp là DN chế xuất thì thủ tục thanh lý thực hiện theo quy định tại Điều 79 Thông tư 38/2015/T-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 55 Điều 1 Thông tư 39/2018/T-BTC.

Trường hợp máy móc, thiết bị NK tạo tài sản cố định phục vụ dự án ưu đãi đầu tư của DN thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa đã quá thời hạn lưu giữ hồ sơ hải quan (5 năm) tính từ thời điểm NK đến thời điểm thay đổi mục đích, chuyển tiêu thụ nội địa thì DN không phải cung cấp số tờ khai khi thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa.

Về việc thanh lý máy móc đã trên 10 năm, đã hết khấu hao thì DN căn cứ quy định tại Khoản 5 Điều 25 Nghị định 08/2015/NĐ-CP, Khoản 12 Điều 1 Nghị định 59/2018/NĐ-CP ngày 20/4/2018 để thực hiện. Trường hợp DN thanh lý máy móc, thiết bị NK tạo tài sản cố định của dự án ưu đãi đầu tư đã hết khấu hao bằng hình thức thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa thì phải kê khai, nộp thuế trên tờ khai mới.