Theo phản ánh của hải quan các tỉnh, thành phố, việc quy định tại Khoản 1 Điều 19 Luật Thuế XK, thuế NK số 107/2016/QH13 đã gây khó khăn cho DN hoàn trả lại tiền thuế nộp thừa trong trường hợp DN có số tiền thuế phải nộp nhỏ hơn số tiền thuế đã nộp. Vì vậy, để cải cách thủ tục hành chính, tạo thuận lợi cho người nộp thuế trong việc hoàn trả tiền thuế nộp thừa và tạo sự khoa học, minh bạch trong thực hiện, Bộ Tài chính đã đề xuất bãi bỏ quy định về hoàn thuế trường hợp hàng hóa XNK đã được nộp thuế nhưng không có hàng hóa hoặc NK, XK ít hơn so với hàng hóa NK, XK đã nộp thuế (Điểm a Khoản 1 Điều 19 Luật Thuế XNK) và quy định có liên quan (Khoản 2 Điều 19 Luật Thuế XNK) để đồng bộ với pháp luật có liên quan.

Phân tích quy định hiện hành cho thấy, theo quy định tại Khoản 2 Điều 25 Luật Hải quan số 54/2014/QH13 thì: ”Tờ khai hải quan có giá trị làm thủ tục hải quan trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký”. Trường hợp: ”Tờ khai hàng hóa NK đã được đăng ký, nhưng thực tế hàng hóa không NK hoặc hàng hóa chưa đưa qua khu vực giám sát” thuộc trường hợp hủy tờ khai theo yêu cầu của người khai hải quan theo quy định tại tiết d.4 điểm d Khoản 1 Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 hướng dẫn Luật Hải quan.

Theo đó, người khai hải quan xác định có sai sót trong việc khai hải quan được thực hiện khai bổ sung đối với hàng hóa đang làm thủ tục hải quan trước thời điểm cơ quan Hải quan thông báo việc kiểm tra trực tiếp hồ sơ hải quan; khai bổ sung đối với hàng hóa đã được thông quan: Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước thời điểm cơ quan Hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra, trừ trường hợp nội dung khai bổ sung liên quan đến giấy phép XK, NK; kiểm tra chuyên ngành về chất lượng hàng hóa, y tế, văn hóa, kiểm dịch động vật, thực vật, an toàn thực phẩm. Quá thời hạn này, người khai hải quan mới phát hiện sai sót trong việc khai hải quan thì thực hiện khai bổ sung và xử lý theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính (quy định tại Khoản 4 Điều 29 Luật Hải quan số 54/2014/QH13). Vì vậy, trường hợp không có hàng hóa XK, NK hoặc NK, XK ít hơn so với hàng hóa NK, XK đã nộp thuế thì hủy tờ khai hoặc khai bổ sung theo quy định.

Đây là cơ sở để cơ quan Hải quan xác định có hay không số tiền thuế nộp thừa để hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Theo Bộ Tài chính, quy định tại điểm a khoản 1 Điều 19 Luật Thuế XK, thuế NK thuộc trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế XK, thuế NK  và thuộc trường hợp phải phân loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế dẫn tới thêm thủ tục hành chính khi thực hiện.

Vì vậy, để đảm bảo phù hợp, thống nhất với Luật Quản lý thuế, cải cách thủ tục hành chính về thuế, tạo thuận lợi cho người nộp thuế trong việc hoàn trả lại tiền thuế nộp thừa trong trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế phải nộp lớn hơn số tiền thuế đã nộp. Đồng thời, tạo minh bạch, khoa học trong thực hiện và phù hợp với tinh thần của Chính phủ tại Nghị quyết số 19-2017/NQ-CP ngày 6/2/2017 trong nội dung dự kiến sửa đổi tại Luật Thuế XK, thuế NK Bộ Tài chính đã đề nghị bỏ quy định tại điểm a Khoản 1 Điều 19 Luật Thuế XK, thuế NK 107/2016/QH13; đồng thời, sửa thứ tự các điểm tương ứng Khoản 1 Điều 19 Luật Thuế XK, thuế NK và bỏ quy định tương ứng tại khoản 2 Điều 19 Luật Thuế XK, thuế NK.

Cùng với đó, sửa đổi quy định về hoàn thuế, Bộ Tài chính cũng đề xuất bổ sung quy định hoàn thuế đối với trường hợp: Người nộp thuế đã nộp thuế đối với hàng hóa NK để sản xuất, kinh doanh, đã đưa vào sản xuất sản phẩm và bán sản phẩm cho tổ chức, cá nhân khác để tổ chức, cá nhân đó tiếp tục sản xuất hàng hóa XK và thực XK sản phẩm hoặc thực hiện liên kết, liên doanh với doanh nghiệp có cơ sở sản xuất để sản xuất hàng hóa hoặc thuê gia công để tiếp tục sản xuất và trực tiếp XK sản phẩm..” (điểm d Khoản 1 Điều 19 Luật Thuế XK, thuế NK).

Tại điểm d Khoản 1 Điều 19 Luật Thuế XK, thuế NK số 107/2016/QH13 quy định hoàn thuế đối với trường hợp: “Người nộp thuế đã nộp thuế đối với hàng hóa NK để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa XK và đã XK sản phẩm”. Theo đó, người nộp thuế được hoàn thuế NK khi thỏa mãn đồng thời các điều kiện: đã nộp thuế đối với hàng hóa NK; có cơ sở sản xuất và đã đưa nguyên liệu, vật tư NK vào sản xuất hàng XK, người NK phải trực tiếp XK.

Tuy nhiên, tại Luật Thuế XK, thuế NK không quy định hoàn thuế đối với những trường hợp sản xuất hàng XK đang diễn ra phổ biến hiện nay của các DN phù hợp, DN vệ tinh: NK nguyên liệu, vật tư, chỉ sản xuất một số bộ phận, chi tiết hàng hóa để bán cho các DN khác dùng để sản xuất XK (tức DN NK không trực tiếp XK mà bán sản phẩm được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK cho DN khác để tiếp tục sản xuất và XK) và DN NK và XK là một, có cơ sở sản xuất nhưng liên kết, liên doanh sản xuất sản phẩm để XK; có cơ sở sản xuất nhưng không tự sản xuất sản phẩm mà cho thuê cơ sở sản xuất và thuê DN khác gia công sản phẩm XK; không có cơ sở sản xuất, không tự sản xuất sản phẩm mà thuê cơ sở sản xuất và thuê gia công sản phẩm XK.

Vì vậy, để đảm bảo hoàn thuế đúng đối tượng, đúng bản chất của loại hình nhập sản xuất hàng XK và không bỏ sót các trường hợp có cùng bản chất của loại hình này, đồng thời, phù hợp với chủ trương khuyến khích sản xuất XK, phát triển công nghiệp hỗ trợ của Đảng và Nhà nước tại Quyết định 2471/QĐ-TTg ngày 28/12/2011 của Thủ tướng Chính phủ, Nghị định số 111/2015/NĐ-CP ngày 3/11/2015 của Chính phủ, Quyết định số 68/QĐ-TTg ngày 18/1/2017 của Thủ tướng Chính phủ. Bộ Tài chính đề nghị bổ sung hoàn thuế trong trường hợp: Người nộp thuế đã nộp thuế đối với hàng hóa NK để sản xuất, kinh doanh, đã đưa vào sản xuất sản phẩm và bán sản phẩm cho tổ chức, cá nhân khác để tổ chức, cá nhân đó tiếp tục sản xuất hàng hóa XK và thực XK sản phẩm; hoặc người nộp thuế thực hiện liên kết, liên doanh với doanh nghiệp có cơ sở sản xuất XK khác để sản xuất và trực tiếp XK sản phẩm.