Theo Tổng cục Hải quan, quy định tại Khoản 2 Điều 21 Luật Thuế XK, thuế NK 107 thì hàng hóa là nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK để sản xuất hàng XK chưa XK sản phẩm (nguyên liệu còn tồn kho, chưa đưa vào sản xuất hoặc đã sản xuất nhưng chưa XK sản phẩm); hàng hóa kinh doanh TN-TX chưa tái xuất thuộc các tờ khai đăng ký với cơ quan Hải quan trước ngày Luật có hiệu lực thi hành (ngày 1-9-2016) chưa nộp thuế thì được miễn thuế theo quy định tại khoản 7 và điểm d khoản 9 Điều 16 Luật Thuế XK, thuế NK.

Để được miễn thuế, người nộp thuế phải có văn bản đề nghị cơ quan Hải quan giải quyết thủ tục miễn thuế đối với tờ khai hải quan đăng ký trước ngày 1-9-2016, trong đó kê khai rõ số lượng hàng hóa và số tiền thuế thực hiện thủ tục hoàn thuế/không thu thuế. Số lượng hàng hóa và số tiền thuế được miễn theo quy định của Luật Thuế XK, thuế NK.

Số lượng hàng hóa và số tiền thuế tương ứng với hàng hóa được miễn kê khai trên tờ khai hải quan mới như quy định hiện hành về chuyển đổi mục đích sử dụng (căn cứ tính thuế là trị giá tính thuế, thuế suất và tỷ giá tại thời điểm tờ khai ban đầu). Thời gian thực hiện kê khai đến hết ngày 31-12-2016.

Đối với hàng hóa đã XK sản phẩm, đã tái xuất thì người nộp thuế nộp hồ sơ hoàn thuế/không thu thuế theo quy định hiện hành.

Bên cạnh đó, Tổng cục Hải quan cho biết, tại công văn 8621/TCHQ-TXNK, Tổng cục cũng đã hướng dẫn chi tiết việc xử lý miễn thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK để sản xuất hàng XK, hàng hóa kinh doanh TN-TX thuộc các tờ khai đăng ký trước ngày 1-9-2016.

Cụ thể, đối với các tờ khai đăng ký trước ngày 1-9-2016 đã hết thời gian ân hạn 275 ngày/hết thời hạn bảo lãnh mà chưa XK sản phẩm/chưa tái xuất hàng hóa và chưa nộp thuế thì kịp thời thông báo cho DN có văn bản đề nghị cơ quan Hải quan giải quyết thủ tục miễn thuế theo hướng dẫn tại công văn 12166/BTC-TCHQ.

Đối với các tờ khai đăng ký trước ngày 1-9-2016, đang trong thời gian ân hạn 275 ngày/thời hạn bảo lãnh, cơ quan Hải quan có thông báo để người nộp thuế chủ động kê khai, chuyển đổi mục đích trên tờ khai mới đối với số lượng hàng hóa và số tiền thuế đề nghị miễn thuế để tránh phát sinh nợ trên Hệ thống kế toán tập trung.

Đối với hàng hóa đã XK sản phẩm/đã tái xuất và/hoặc đã nộp thuế, cơ quan Hải quan yêu cầu người nộp thuế nộp hồ sơ hoàn thuế/không thu thuế theo đúng thời hạn quy định.

Trên cơ sở văn bản đề nghị miễn thuế/không thu thuế, trong thời gian người nộp thuế kê khai chuyển đổi mục đích trên tờ khai mới (đối với số lượng hàng hóa đề nghị miễn thuế) và trong thời gian chờ giải quyết không thu thuế (đối với hàng hóa đã XK, đã tái xuất), nếu phát sinh nợ quá hạn thuộc các tờ khai đang làm thủ tục miễn thuế/không thu thuế thì cơ quan Hải quan sử dụng chức năng điều chỉnh số ngày ân hạn trên Hệ thống kế toán tập trung.