Theo đó, đối tượng chịu phí, lệ phí và cơ quan thu phí, lệ phí gồm: Các phương tiện thủy nội địa, tàu biển (sau đây gọi là phương tiện) ra, vào hoạt động tại các cảng, bến thủy nội địa (kể cả cảng, bến chuyên dùng) đã được cơ quan nhà nước công bố cấp phép hoạt động phải chịu phí, lệ phí áp dụng theo quy định.

Trường hợp Điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam ký kết hoặc gia nhập có quy định về phí, lệ phí áp dụng tại cảng, bến thủy nội địa khác với quy định tại Thông tư này thì thực hiện theo quy định của Điều ước quốc tế đó.

Cơ quan thu phí, lệ phí là các cảng vụ đường thủy nội địa (bao gồm cả trường hợp cơ quan có thẩm quyền giao hoặc ủy quyền); các cảng vụ hàng hải (bao gồm cả trường hợp cơ quan có thẩm quyền giao hoặc ủy quyền) và cơ quan được ủy quyền khác (nếu có) thực hiện nhiệm vụ quản lý cảng, bến thủy nội địa theo quy định của pháp luật.

Cụ thể, mức phí trọng tải được tính như sau: Lượt vào (kể cả có tải, không tải) có mức 165 đồng/tấn trọng tải toàn phần; Lượt ra (kể cả có tải, không tải) là 165 đồng/tấn trọng tải toàn phần.

Lệ phí ra, vào cảng, bến thủy nội địa: Phương tiện chở hàng có trọng tải toàn phần từ 10 tấn đến 50 tấn là 5.000 đồng /chuyến; Phương tiện chở hàng có trọng tải toàn phần trên 50 tấn đến 200 tấn hoặc chở khách có sức chở từ 13 ghế đến 50 ghế là 10.000 đồng/chuyến.

Phương tiện chở hàng, đoàn lai có trọng tải toàn phần trên 200 tấn đến 500 tấn hoặc chở khách có sức chở từ 51 ghế đến 100 ghế, có mức phí là 20.000 đồng/chuyến; Phương tiện chở hàng, đoàn lai có trọng tải toàn phần trên 500 tấn đến 1.000 tấn hoặc chở khách từ 101 ghế trở lên là 30.000 đồng/chuyến; Phương tiện chở hàng, đoàn lai có trọng tải toàn phần trên 1.000 tấn đến 1.500 tấn là 40.000 đồng/chuyến.